据深圳检验检疫局介绍，内地供港活禽注册养殖场并未发生疫情，深圳供港鸡场为两个，而非三个。应香港方面要求，已暂停深圳辖区注册饲养场观澜恒泰鸡场、坑梓旭丰鸡场的活禽出口，全面巡查饲养场，重点检查防疫卫生状况、活禽健康状态等，按规定继续做好监测工作。加严对离境口岸活禽的现场查验工作，确保出口活禽的临床健康。目前深圳各口岸人员检疫、动物检疫的监测、采样、防护和卫生处理等设施设备运行良好，应急物资储备充足，而且与香港卫生署、香港渔护署、深圳市卫生防疫、动物防疫部门等均保持密切联系。
12月5日，据《南方都市报》报道，深圳市疾控中心表示，广东省疾控部门和深圳市疾控中心已经开始相关的流行病学调查，正等待港方消息通报，查清患者感染H7N9禽流感病毒的原因。
12月6日，据《南方都市报》报道，印度尼西亚籍女佣仍然处于危殆中，港府目前也尚未寻得个案的确切感染源。香港食物及卫生局局长高永文表示，屯门医院未及早对病患做基因测试存在缺失，医管局会汲取此次教训，提高警觉。 12月6日晚，香港官方通报，一名长期在深圳居住的80岁男性老人被确诊为人感染H7N9禽流感病例。
12月8日，据《南方都市报》报道，深圳市疾控中心表示，香港先后确认两宗病例，都曾爆出在深圳有过行踪。目前广东省疾控中心已经介入，正在紧张调查，一旦发现密切接触者，将对其进行隔离，并进行必要医学观察，而全市禽鸟市场也在加强消毒措施。如果发现最新调查结果，将第一时间对外公布。
12月8日，@深圳微博发布厅 称，深圳市疾病控制中心通报：宝安福永街道居民黄某，男，80岁，12 月3日去香港屯门医院住院治疗糖尿病，6日出现发热症状，被确诊为感染H7N9禽流感，目前在港治疗，病情稳定。黄某离开深圳前接触46人暂未发现感染H7N9禽流感。卫生部门已开展疫情控制措施。
12月10日，广东省和深圳市防控人感染H7N9禽流感联合工作组在对深圳市活禽市场环境禽流感病毒污染的监测中，共采集13个活禽市场70份环境标本，其中，龙岗区两个活禽市场检出3份H7N9禽流感病毒核酸阳性（1份来自龙岗区横岗市场家禽档砧板；2份来自龙岗区南湾街道康桥肉菜市场三鸟档的鸡粪和该档口的脱毛器）。
12月11日，省卫生计生委组织召开省防控人感染 H7N9禽流感疫情工作会商会，专家组评估认为，我省发生散发人感染H7N9禽流感病例的风险极高，随时可能有病例发生，专家提醒公众增强防范意识，共同做好防控工作。
12月12日，据《南方都市报》报道，市疾控中心副主任马汉武表示，病毒是在疾控部门对市场的日常监测中发现的，在环境中发现了H7N9病毒，但还未从禽类密切接触者身上发现。此后会继续落实对环境以及禽类密切接触者的监测。
至于全市的防控措施是否升级，马汉武表示，11 月1日起，国家卫计委已把H7N9禽流感纳入法定乙类传染病，按照乙类传染病的管理办法，在诊断后24 小时内进行报告，并根据病情采取治疗和控制传播措施。同时加强与动物检验检疫、出入境检验检疫、交通、教育等有关部门的联防联控，合力应对我市可能出现的人感染H7N9禽流感疫情。但他表示，市民无需过度恐慌。
深圳第三人民医院院长、深圳H7N9病毒防控专家组组长周伯平表示，H7N9有散发的可能性，但不会大规模爆发，目前还未收到官方通知提高禽流感的防控级别，因此会延续今年4月以来的应急预案。
深圳市经信委表示，该部门已经开展疫情排查和监测工作，重点做好家禽批发市场、规模养殖场和散养户等重点场所禽类H7N9禽流感的排查和疫情监测工作。对于禽类养殖综合防疫管理方面，则要求市、区动物卫生监督机构指导养殖场（户）加强防疫综合管理，强化免疫措施，加强环境及相关人员、车辆消毒，对病死禽和粪便等污染物严格实行无害化处理。同时，还要求各区指导和监督家禽批发市场严格执行休市制度，加强对规模养殖场、家禽批发市场等场所开展消毒灭源工作的指导和监督，消除疫情隐患。