罗湖市场监管分局的调查同时表明，“校讯通”实际使用者是学校和老师，但费用却转嫁给家长。国内三大通信运营商早就取消了双向收费，接收信息是无需付费的，只有发送短信才收费。按照 “谁使用谁付费”的原则，也不应由家长来付费，但学校却将相关费用转嫁给了家长。
罗湖市场监管分局调查人员称，教育主管部门向各级学校（幼儿园）推荐使用“校讯通”项目，本就违背市场经济公平、自由竞争秩序，涉嫌违反了《反不正当竞争法》第7条“政府及其所属部门不得滥用行政权力，限定他人购买其指定的经营者的商品，以排挤其他经营者的公平竞争”。学校擅自与“校讯通”企业签订相关合作协议，将学生家长的权利和义务进行了强制性约定，合同期限一签就是几年，涉嫌违反了《合同法》第52条“恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的合同无效”，其中也不乏一些针对学校或老师的优惠措施（送礼品和话费、老师免费使用、给学校赞助费、返点等）更是不应该。
学校本应向学生家长提供信息服务而未提供，涉嫌违反了《价格违法行为行政处罚规定》第九条第（十）项“不按规定提供服务而收取费用的”规定。伙食费、社会实践活动费、校车费等是法定教育收费项目，学校均进行过备案和公示，对家长和社会都是一种服务承诺，承诺的事项：一是收费项目，二是自愿和不营利的原则。而“校讯通”既不是教育收费法定项目，也没有进行收费公示。所以，学校既未按规定项目收费，也违反了“自愿和不营利”原则。涉嫌违反了《禁止价格欺诈行为的规定》第六条“服务的项目、收费标准等有关内容与实际不符的”，第七条“有价格承诺，不履行或不完全履行的”。
校企合作中，作为第三方的家长的知情权、选择权、公平交易权没有得到充分保障，涉嫌违反《消费者权益保护法》中侵害消费者权益和“强制消费”、《反不正当竞争法》第十二条“强制搭售商品的”等法律规定。
9月7日，据《南方都市报》报道，对于学校用校讯通给学生家长发送晨光牛奶商业信息一事，龙岗区中海怡翠学校相关负责人黄老师表示，确实有这回事，不过却表示是因为账号被盗用所致，学校已经加强对校讯通账号的管理。 9月9日，市教育局下发了《深圳市教育局办公室关于开展“校讯通”服务情况调查的通知》。
9月9日，@福田发布 称，福田中学从本学期起更换了校讯通服务商，告别了校讯通收费时代。新版校讯通新增了实时视频通话、即时互动、紧急通知等功能。而对于没有智能手机的家长，新系统也保留了短信服务，不会影响家长与学校间的沟通。
9月10日，《南方都市报》发表社评《从“校讯通”看义务教育服务的公共性》，称“从未来发展看，国际经济竞争主要是人力资源的竞争，教育投入不仅在区域上需实现均等化，在城市里也应均等化、高质化。拒绝类似‘校讯通’一类的商业对教育公共性的侵蚀，对学生家长利益的侵害。从搞好午餐入手，使教育投入发挥更大的效用，让每个学生都能在安全、舒适的环境中健康成长。”
9月11日，市教育局下发《深圳市教育局办公室关于加强“校讯通”类家校沟通平台管理的通知》，通知提到，近日，部分媒体对“校讯通”作了大量报道，反映学校在使用“校讯通”上存在的一些问题，提出了多个要求。
9月14日，据《深圳晚报》报道，目前，深圳市教育局已向全市中小学发出调查表，就“校讯通”使用、收费、反馈等情况进行“大摸底”。
9月17日，据《南方都市报》报道，对于龙岗区沙湾街道沙湾小学和中海怡翠学校，利用校讯通给家长发布晨光牛奶的商业广告的问题，中海怡翠学校表示，之前因为时间紧没来得及调查清楚，相关工作人员在回复的时候向记者撒了谎，目前已经查明，商业广告确实是学校所发，已经持续有两年半了，不过现在已经停止。