深圳通公司董事会秘书吕朝晖表示，《深圳商报》的报道对“深圳通”如何更好、更规范地服务市民是一次正面推动。深圳通公司会积极做好《支付业务许可证》的申请准备工作，包括股权调整、争取国资委等更高层面支持、积极推动“全省公交一卡通”的对接试点工作，力争把“牌照”办下来。深圳通公司承诺以便民利民为目的做好存量支付业务的管理，落实中国人民银行的整改要求，不再增加新的支付业务。同时，吁请中国人民银行考虑到公交行业服务市民的特殊性和普遍需财政补贴的现实困难，降低交通运输企业申请时的盈利“门槛”。
中国人民银行深圳市中心支行表示，《深圳商报》采访深入，报道客观。依据《非金融机构支付服务管理办法》，充分考虑到深圳市民的用卡习惯，结合深圳通公司一直在积极向中国人民银行申请《支付业务许可证》和认真整改，该行暂允许深圳通公司维持目前的存量业务，但不允许其开展增量业务，如新的合作商户和网点铺设。该行将继续指导、督促深圳通公司尽快完成申报工作。
10月18日，据《南方都市报》报道，深圳通公司回应称，他们确实没有拿到中国人民银行颁发的支付业务许可证，不过目前正在申请当中，申请下来之前会维持现状，暂时不会被叫停。 10月18日，《南方都市报》发表评论文章《“深圳通”收“两金” 有红头文件就合法？》，认为“2012年有北京市民刘巍质疑北京公交卡收取的20元押金，当时北京市发改委做了书面回复；上海2007年更是在地方两会上做了严肃讨论。之前虽然深圳发改委也曾对公交卡做过回复，但这次市发改委、市交通运输委员会还是回避了媒体采访要求，将皮球踢给了深圳通公司。这不是一个阳光政府应有的作为。”
10月21日，据深圳新闻网报道，近日，深圳通公司正式就网友十问作出回应。对于资金沉淀量数量，资金收益情况问题，深圳通公司回应称，截至2012年底，“深圳通”卡资金沉淀近3亿元，目前按照中国人民银行的规定进行管理和使用。包括充值资金和押金在内，“深圳通”系统储存的沉淀资金约有4亿元。深圳通公司表示，沉淀资金都是以活期存款形式存放于银行账户。
对于为何收取0.5元月租问题，深圳通公司回应表示，国内其他不采取租用方式发行交通卡的城市，当地财政会给予一定的财政补贴或通过沉淀资金投资的收入及客户服务的收费来维持交通卡公司运作。而深圳通仅靠押金产生的利息不足以维持正常运行，需以收取租金的方式逐步收回卡成本，并非从中赚取利润。深圳市发改委价格处处长李军表示，“并不是只有深圳通收取月租，国内很多城市的交通卡都收取租金，南京每月1块，武汉0.1元，哈尔滨0.5元，合肥0.5元，昆明1元”。
对于深圳通退卡难、换卡难问题，深圳通公司表示，深圳通坏卡退卡及余额超百元退卡业务因特殊原因，只能在7家深圳通客服中心办理业务：一是坏卡退卡需要客服人员通过卡片的坏损程度鉴别是否换卡，退换卡也需以卡面的唯一卡号为依据在专门设备进行业务操作，需持卡人将卡片带至客服网点才能完成操作；二是为了防止不法人员在同一设备进行大金额充值并立即退卡，以骗取代理手续费的套现、洗钱现象发生。