10月10日，有网友发帖《深圳公积金中心，你能否别把我们当皮球踢给银行了，好不好！》，对 “同是在中国银行办理商转公业务，为何还要罚息？”“扣留6个月商业贷款月供额”的情况提出质疑。
10月10日，《深圳特区报》社论《商转公预约限额，何妨多些弹性》，认为“一项政策实施后的短期效应，没法证明具体实施办法的合理性。而且，实施商转公政策，是为了让市民得到实惠，少交些住房贷款。如果政策实施比较顺畅，却如网友所言无法很好地达成根本目标，这种顺畅有何意义？”
10月11日，深圳市住房公积金管理中心回应称 “1、原商业贷款的发放行为商转公业务合作银行的，职工办理商转公业务可采用顺位抵押的方式，职工无需赎楼，职工与原贷款银行已经签订了住房按揭贷款合同，商业银行将按照原住房按揭贷款合同上的有关约定以及商业银行的现行政策来处理。 2、采用顺位抵押或其他抵押物抵押担保方式办理商转公贷款的，贷款资金会直接划拨至原贷款行冲抵原贷款本金。因公积金贷款审批有效期为6个月，贷款审批通过后，因办理面签和落实放款条件等手续将出现时间间隔，期间职工最多可能归还原贷款6个月的本金。为了保证公积金贷款实际发放金额不超过放款时原贷款的剩余本金，公积金贷款在申请时直接扣减了审批通过后原贷款的预计应还本金。这只是会影响申请人的少量可贷额度，而不是要还6个月的商贷月供。3、公积金贷款只要落实了放款条件，即可放款，并不是一定要等6个月才放款，公贷审批期间，您只需按时归还商贷。”
10月11日，据《南方都市报》报道，深圳市住房公积金中心表示，为了让原商业性住房按揭贷款放款时间靠后的职工能尽快预约办理商转公业务，该中心对分段预约时间进行了调整。即从9月28日起，原商业性住房按揭贷款放款时间为2011年1月、 2011年2月、2011年3月的职工，可预约办理商转公业务；10月10日起，原商业性住房按揭贷款放款时间为2011年6月(含6月)之前的职工，可预约办理商转公业务。
10月21日，《晶报》发表评论文章《徐冰：住房公积金制度应该取消》。
10月23日，针对市民关注的“罚息”问题，深圳市住房公积金管理中心回应称“关于中行深圳市分行办理商转公业务收取提前还款违约金的问题，中行表示：1、对于原住房按揭合同中未约定违约金条款或达到减免条件的，则免收提前还款违约金；2、其他最高收取一个月的违约金。具体收取违约金政策请详询中行商转公受理网点。” 10月25日，深圳市住房公积金中心在深圳新闻网接受2小时访谈，在线解答网民问题。
有关单位：深圳市住房公积金管理中心