港大深圳医院二期工程是深圳在“十四五”期间重点打造的医疗民生项目，二期住院大楼设计病床1000张，容纳儿科、肿瘤科两个重点发展学科，计划2025年7月投入使用。两大医疗中心将各自形成医疗闭环，实现“院中院”医疗服务体系，为患者提供一站式便捷医疗服务。二期将打造足肝疾病／肿瘤及肝移植中心、重症监护、儿科、综合（多学科）肿瘤中心多中心诊疗模式，优化优质医疗资源供给。
针对目前医院周边交通不便的情况，二期也将进行优化，将增设三个地面／地下交通接驳区域，分别在医院西门（近海园一路）、北门（近白石路）和一期二期接驳处。其中，西门（近海园一路）接驳区域，将接驳公共交通系统，让市民“下车即为医院”。二期还将建设地下通道，从院内直通周边地铁站，地下通道明年即将建成。
