站房共三层，一层是候车区域，二层和三层分别设有行车室、设备间、办公区域等。
站台与站房房顶齐平，距地面高度约16米。当列车停靠和通过时，会从车站房顶驶过，景观十分奇特。
目前，每天有100多趟动车组从怀安站通过。
有4趟动车组在站内改变运行方向，分别是呼和浩特东至济南西D2780/2777次和D2778/2779次，郑州东至包头D2783/2782次和D2784/2781次。
如何改变运行方向？
以济南西开往呼和浩特东方向的D2778/2779次动车组为例。列车经张大高铁从西向东驶入怀安站内停车，车次为D2779次。司机换到另外一端司机室，然后驾驶动车组由东向西驶出怀安站，经张呼高铁运行，驶向呼和浩特东方向，此时车次改变为D2778次。
