水下探测，声波是有效手段。声呐传感器发出声波信号，信号遇到物体后会反射回来，低频的声波甚至可以穿透海底几千米的地层。此次考古采用了合成孔径声呐、多波束声呐、旁侧声呐、磁力仪等7套设备，装载在两艘物探船上，相互配合，对圣杯屿海船遗址及附近海域开展了小范围精细探测，来获取海底及遗址的平面、三维地形以及地层剖面数据和磁力异常数据，锁定海底数据异常点，为水下探摸提供线索，结合所在海域的风、波浪、潮流等资料，未来还将为研究水下遗址形成过程和下一步的考古发掘提供有效支撑。此次多部门、多学科联合，主动探测水下遗迹的尝试，有助于提升水下考古作业水平。
圣杯屿元代海船水下考古发掘领队梁国庆：早期水下调查主要依靠渔民提供的线索，相对来说比较被动，大量的文化遗产需要我们主动带着科研目的、带着学术目的调查和发现，所以我们和国家的科研院所合作，能更大限度使用一些新型的设备进行全覆盖扫测，然后再通过我们潜水员进行确认，我们希望走出这样一个主动调查的道路。
