新旧建筑交融，形成可生长式建筑体系
充分尊重可生长式的布局模式，并延续一期的规划理念。科研教学楼呼应原有建筑布局，形成具有韵律感的城市界面；住院综合楼沿医疗街生长，成为医院空间序列中的重要节点。
新、旧建筑肌理形成相互交融的有机整体；沿主、次街方向，连廊与架空空间形成连续闭合的无风雨慢行系统，方便各个方向的访客到访门诊、住院单元。所有这些要素构成了医院空间结构中不可或缺的拼图，也为全院使用者带来人性化的服务体验。
进一步优化、完善交通系统，增设车库出入口，并对出入口的功能和位置统一整合，拓宽侨城东路入口闸位，提高交通效率。同时，按照单向行驶原则，重新整合地下交通，形成地下主交通环，有效组织一、二期停车并实现资源共享。
设置交通落客接驳区，通过地下慢行通道，与一期地下接驳区形成无风雨“双接驳”体系，进一步强化港大深圳医院原有的“人性化立体交通接驳系统”概念。
整合资源，形成闭环式医疗体系
港大医院二期将设置两个医疗中心，两中心分别设置独立的门厅、诊区及病区，并配备专用电梯。同时，将采取水平式和垂直式相结合的方式布置两个中心，保障医院未来发展的可变性。在共用的医技科室中，将通过适当的交通组织，尽量区分不同类型的病患，使两个医疗中心形成相对闭环的医疗体系，最大限度地满足医院管理的需求。
科教综合楼由科研室与学生宿舍共同组成，通过对入口进行地景式处理，形成开放的城市公共空间；地下一层为全院物流供给平台，分别设置厨房、科研、药品卸货平台，并通过物流通道与一期功能衔接，地下二层设置专用污物回收体系，一、二期污物通过专用通道运出院外。教学、会议、院史展览等功能设置在一、二层，厨房、餐厅分别与一期相邻布置，组成相对独立的院内生活系统，手术中心、ICU分别与一期相关功能零高差连接，形成高效的危急重症救治体系。
生态型疗愈环境生活化街区氛围
“二期延续‘宜人的生态微循环系统’这一重要设计理念，将自然光引入设计中。”市建筑工务署的相关负责人介绍，港大深圳医院二期将建设成为生态和谐型医院，为患者营造更优美舒适的疗愈环境。将有一系列宛如空间容器的下沉庭院，为医院各处带来风、光和宁静的花园。在综合住院楼中植入两个庭院，使阳光可以深入到建筑内部，保证所有病房及医生办公区均可获得良好的采光和日照。
延续原有医疗街服务配套，在一期与二期之间植入室外休闲商业，同时在负一层接驳厅及医疗街配套充足的公共服务设施，每一处场景都体现人文关怀。
采用传承与创新两种策略，科研教学楼延续一期造型立面获得统一的城市界面；住院综合楼外立面采用“生态舱”式双表皮系统，既与一期单元式立面相协调，又可避免阳光直射，大幅降低能耗，并可随时间的变化营造出曼妙的光影效果，彰显建筑的独特魅力。
现有院区的医疗院街主要解决行人的交通问题，商业配套比例较低。港大医院二期设计延续一期的空间轴线布局，延伸医疗院街及景观轴线，整体院区形成三横三纵网格状的主次街格局。
在一、二期之间植入多元化的商业街区，作为一期医疗街的扩展，并成为重要的轴线转换节点，配合无风雨连廊的设计，力图在医院中打造生活化的街区氛围，改变传统医院在人们心中的“冰冷”感觉，树立温馨亲切的新时代医院形象。港大深圳医院院长卢宠茂表示，二期主体工程开工，意味着医院即将步入一个全新的发展阶段。
二期工程将新建面积20．6万平方米，扩建1000张床位，建造独立的科研大楼，将为医院医教研全面发展提供有力支持。二期工程将最大限度整合和发展医院的特色医疗，提升市民就医体验感、营造人文关怀的国际化高水平医院。
