建成后，医疗床位总数将达3000张
港大深圳医院二期位于一期院区东北部，新建建筑面积约20．63万平方米，其中地上约12．05万平方米，地下约8．58万平方米；改造建筑面积约3450平方米。
作为超大型医院建设项目，二期将新建住院综合楼、科教综合楼、地下车库及设备用房、连廊及配套附属用房等，新建连接地铁出入口与医院的地下通道，改造现门诊医技楼功能用房及风雨连廊等，拆除现有污水处理站、垃圾转运站等附属设施。
“在市发改、卫健、规自、住建等部门和福田区委区政府的大力支持下，在院方的共同协作下，项目顺利完成了投资批复、规划许可、施工许可等工作，确保了如期开工，”市工务署的相关负责人介绍，二期建设将助力港大深圳医院继续打造成为公立医院改革先行示范样板和粤港澳大湾区医疗融合的国际化平台，在智慧医院建设和国际前沿医疗技术经验交流合作方面，架起通往国际尖端水平的桥梁。
二期将通过智能能耗监控系统、可生长式机电系统、VR虚拟现实、物联网、新型智慧医院等创新技术应用，将港大医院打造成为能提供人性化服务、具备可持续发展空间、可低成本运营的智慧型现代医院。
