《实施方案》指出，各级教育行政部门要加强对集团化办学的监管，把参与集团共建及成效作为对成员校校长年度绩效考核的重要内容。对办学成效好、质量高、社会满意度高的集团给予一定的奖励，在区内职称评聘、评先评优、提拔任用等方面进行优先考虑。
在保障措施方面，深圳将加大市、区财政对集团化办学投入力度，制定集团化办学专项经费管理办法，明确专项经费主要用于集团教学改革、课程实施、质量评估、队伍建设、特色发展。在解决集团化办学发展中人力资源不足、结构性缺员等问题中，对于集团内校级领导职数不足、编制紧缺、岗位职数偏低的，由教育行政部门商同级机构编制、人力资源社会保障等部门对集团内各校进行动态调整、及时配置。