近年来，三只松鼠的食品问题一直没有停止过，截至2021年5月9日，三只松鼠在黑猫投诉中“收获”的投诉量达874条。
其中，4－5月投诉最多的就是在三只松鼠的食品中吃出各种“异物”，包括虫子、虫卵、塑料、钢丝和不明物体等。
此外，三只松鼠还曾陷入“食品致癌物超标”的漩涡中心。2020年10月，深圳市消委会挑选了15款国内外知名品牌薯片进行比较试验，并在官网发布了《2020年薯片中外对比比较试验报告》。其中，盐津铺子薯惑焙烤薯片醇香原味、三只松鼠原味脆薯和董小姐轻食薯片清怡原味3款薯片的丙烯酰胺（2A类致癌物）含量超过了2000μg／kg，而欧盟制定的基准水平值为750μg／kg。
