调查组调取孙小果服刑期间的记录查证，发现多名监狱管理人员在领导授意下违纪违规，给予孙小果不正常的特殊待遇，孙小果每个月考核都是满分，连续七年被评为劳动改造积极分子，接连获得减刑。尤其荒唐的是，孙小果还号称在监狱里发明了一个“联动锁紧式防盗窨井盖”，向国家知识产权局申请后获得了实用新型专利，第一监狱据此认定孙小果“重大立功”再次报请减刑。
刘思源：减不减，法官把关去，减不减我就不管你了，该关照关照，我也报了反正。
调查表明，井盖设计图纸其实是孙鹤予托人从外面带进去的，当时云南省第一监狱有机械加工车间，从技术到材料都有便利条件，在一些监狱干警帮助下，同监其他懂技术的犯人制作出了模型。孙小果的设计陈述材料经鉴定都不是本人笔迹，是同监犯人代写的。孙小果面对诸多证据，仍一口咬定井盖是自己发明，但谎言被调查组当场揭穿。
刘天鸣（时任西双版纳州检察院党组成员副检察长专案组成员）：我们审讯他的时候，我就问他，他到死都说这个东西是他发明的，不假。我说行，那现在来来来，我给你纸给你笔，还需要什么样的制图工具，你要实在画不出来，我把原图给你照着画，照着画他都画不出来。很尴尬，就沉默，就不说话，耍赖赖不掉，那不吭气就完了。
经调查核实，孙小果在云南省第一监狱总共减刑3次，2009年1月转监到云南省第二监狱，在二监又减刑两次，于2010年4月出狱，实际服刑时间只有12年5个月。之所以中间要由第一监狱转到第二监狱，是因为违规减刑遇到了阻力。
罗正云（时任云南省监狱管理局政委）：2008年李桥忠给我打过一个电话，说孙小果在一监减刑未能得到通过，他说主要是一监的一个纪委书记叫何绍平持不同意见，而且态度非常坚决，你能不能跟他说一下。
调查组调取当年的减刑会议记录，记录显示时任第一监狱纪委书记何绍平在多次会议上都提出反对意见，认为孙小果的减刑不符合规定。何绍平也还清晰地记得，罗正云为此专门打来了电话。