小梅沙站为典型的上软下硬复杂地层，拆迁建筑物桩基础及承台密布，上部砂层透水性强，下部岩层强度硬，成槽、成桩异常困难。

▲小梅沙站航拍图

此外，小梅沙景区车流、人流众多，车辆进出交通管制严格，车站基坑距离海域仅200米，水力联系影响大，基坑开挖时，多次发生涌水涌沙，挖至第二层土时，还突现最难弃置的“黑土”。