本次广深线信号系统设备改造工程是在既有广深Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ线及广州地区枢纽上进行营业线施工，工程实施的核心技术难题是新旧系统执行的技术规范不一致，相当于信号系统核心设备的“换心脏”施工。“这个工程实施起来难度非常大，纵观国内外的铁路史没有过此类施工。此次施工技术复杂，涉及工作量之巨大，夜间天窗时间短，还要保证白天的正常行车。”广深线改造技术总负责方少锋说道。
铁路部门首创“城际和普铁分离并无缝切割”的模式，分“五步”实现了广深线“神经系统”大分割。在施工中，他们发挥创新优势，将新老系统共存并分步更替，确保了CTC调度集中中心控制模式不停用，实现了对运输“零干扰”。
据介绍，改造完成后，广深铁路全线具备客专标准版CTCS－2列控模式，运输效率大大提高，可以将整条线曾经开行200列动车组提升至250列左右。最新的联锁列控系统让京广高铁、贵广客专、南广铁路的动车组可以直达深圳站，新系统也为明年赣深高铁、广汕高铁引入广深线创造了先行条件，大大降低了引入难度和成本。2022年后，预计广深线将以开行跨线动车组为主，让广东省的高铁网络实现东西向、东北向、西北向的互联互通，成为最便捷的快速通道。