防范“基孔肯雅热”！华大智造“T1+”助力多地疾控破译病毒全貌

深圳新闻网2025年7月24日讯（记者 范洋航）世界卫生组织专家在7月22日就蚊媒传播疾病基孔肯雅热发出警报，提醒各国做好应对准备，避免疫情大规模暴发。中国疾控中心研究员段蕾蕾在7月23日国家卫健委举行的新闻发布会上介绍，近期，我国南方个别城市发生基孔肯雅热输入疫情并引发本地传播。基孔肯雅热可防可控可治，主要通过伊蚊叮咬传播，没有人传人迹象。

基孔肯雅热在中国以输入性病例为主，此次顺德区即为“境外输入+本地蚊媒传播”引发的局部暴发疫情。根据广东省佛山市五区卫生健康局7月23日通报，截至2025年7月23日，佛山市累计报告基孔肯雅热确诊病例超3000例，均为轻症病例。

基孔肯雅热多为轻症，大部分患者可在1-2周之内自行恢复。防范关键在于防蚊灭蚊、锁定源头、控制传播。

第一时间确认输入病例来源，能够支持疾控、海关等相关部门快速、精准、有效地制定防控策略，守护市民健康。

△疾控工作人员运用“T1+”平台对基孔肯雅病毒进行检测

“T1+”助力破译基孔肯雅病毒全貌

全读长测序仪为突发疫情溯源兜底

在此轮基孔肯雅热疫情中，相关地区的疾控中心、海关紧急响应，均使用华大智造全读长（SEQ ALL）系列测序平台进行基孔肯雅病毒测序，其中华大智造最新款DNBSEQ基因测序仪“T1+”为多地疾控提供硬核支撑，成功破译此轮病例样本基孔肯雅病毒全貌，实现精准溯源。

研究人员基于华大智造“T1+”基因测序仪，对4例基孔肯雅病毒感染者进行测序溯源，其测序覆盖度均高于99.9%。值得一提的是，其中1例低病毒载量样本（Ct=37），采用“T1+”进行宏转录组测序也获得了全长序列。这展现了面对突发疫情，“T1+”快速、高通量的性能结合宏基因组测序方法的溯源兜底能力。

△基于“T1+”进行基孔肯雅病毒测序的分析报告

△基孔肯雅病毒全基因组进化树与分型情况

“T1+”助力完成的基孔肯雅病毒溯源报告在各地疾控陆续输出，高效捕获病毒序列，支持疾控部门快速、精准、有效地制定防控策略。

△某疾控基于DNBSEQ-“T1+”宏基因组测序组装的基孔肯雅病毒基因组圈图

作为全球日生产速度最快的桌面式Tb级测序仪，“T1+”凭借快速、高通量的优势，针对低载量、型别多样的病毒阳性样本，无需培养直接进行宏基因组测序均可获得完整全长。“T1+”也是全球首款可在24小时内产出Tb级别数据的桌面式测序仪，具备24小时Tb级数据产出、一键自动化操作等优势，集成DNB制备与生信分析模块，实现“测序－分析一体化”全流程闭环，可在24小时内一键完成DNA文库的PE150测序任务，完成SE50测序最多只需7小时。

“T1+”针对病原微生物的自动化交付全流程方案能够为传染性疾病防控提供强有力的工具支撑，从样本提取、文库制备，再到结合DNB制备分lane加载系统，最终完成测序并在测序仪内自动生成生信分析报告，全程自动化解放双手，可全面满足公共卫生领域对 “精准、快速、简易” 的核心需求。

低载量样本“迎刃而解”

宏转录组测序策略高效溯源

基孔肯雅病毒（Chikungunya Virus，CHIKV）属于披膜病毒科甲病毒属，病毒颗粒呈球形，有包膜，直径60—70nm，只有1个血清型。病毒基因组为单股正链RNA，全长约11.8kb，内含单一可读框依次编码4种非结构蛋白和5种结构蛋白。根据病毒基因组遗传进化分析，可分为3个基因型，分别为西非型、东中南非型和亚洲型，其中东中南非型病毒突变形成的印度洋分枝（IOL）的病毒株，更易于经白纹伊蚊叮咬传播。

△基孔肯雅病毒基因组结构

基孔肯雅病毒型别多样、突变位点多，传统的溯源方法为细胞培养后进行 Sanger 测序需要耗时数周，并且面对低病毒载量样本时细胞培养法成功率较低，2017-2019 年广州40例输入病例中，仅5株成功培养（Ct＞30 时成功率＜20%）。同时，基孔肯雅病毒培养需要生物安全三级实验室（BSL-3）环境，传统方法不适用于基层疾控、一线海关口岸。

相比传统方法，宏基因组测序技术“免培养、广谱筛查、全基因组解析”的特性，使其成为应对新发突发传染病溯源工作的关键技术。

早在2024年1月，广州市八医院联合华大智造，采用优化的宏转录组测序策略也实现了基孔肯雅病毒低载量样本的高效溯源。广州市八医院收治了1例53岁的男性基孔肯雅热患者，其近期有东帝汶出差史，入境时出现发热（最高 39℃），伴疲劳、结膜充血、红疹等症状。由于病毒浓度过低无法开展分离培养，研究人员采用优化的宏转录组建库方法，搭配华大智造通量灵活的MGISEQ-2000基因测序仪，最终从全血样本中成功获得全长基孔肯雅病毒基因组（平均深度 54.3X）。经过生信分析，该毒株（命名为 GZ01/2024）确认含亚洲谱系标志性突变（如 E1-K211E、E2-I211T），这些突变与适应白纹伊蚊传播相关，系统发育树显示其与东帝汶及印度尼西亚毒株高度同源，2024 年 1 月东帝汶当地曾暴发基孔肯雅热，与患者旅行史完全吻合。

△2024年基于MGISEQ-2000测序仪的基孔肯雅输入病例宏转录组测序、溯源

DNBSEQ测序平台“T1+”、MGISEQ-2000在中心实验室基孔肯雅病毒监测溯源中发挥了重要作用，小巧灵活的CycloneSEQ测序平台则更适合一线海关口岸。

目前，多地海关正应用CycloneSEQ平台开展基孔肯雅病毒全基因组测序，从源头管控输入性病例。数据显示，采用CycloneSEQ平台G100-ER进行测序，其测序结果覆盖度可达100%，与采用DNBSEQ平台测序结果完全一致。凭借纳米孔测序技术实时快速的优势，CycloneSEQ测序平台可对海关入境时在流行态下的高密度样本实现监测，高效识别传染源，抢占先机。若传染源发生一定程度暴发，“T1+”等DNBSEQ测序平台则可支持大规模样本测序、调查和溯源监测变异。

基于华大智造全读长（SEQ ALL）系列测序平台的成功实践，为新发突发传染病防控提供了更先进、更高效、更便捷的自主化解决方案，为市民健康持续筑牢公共卫生的“防火墙”。

作为全球首个、国内唯一同时拥有大规模商业量产级短读长（DNBSEQ）与长读长（CycloneSEQ）测序产品的企业，华大智造可为病原微生物的监测与防控同时提供短读长和长读长的测序方案，充分满足不同场景的需求。未来，秉承“创新智造引领生命科技”的理念，华大智造将持续致力于满足病原微生物全基因组测序、靶向测序和宏基因组测序全流程等应用场景的需求，以自主研发的生命科技核心工具激发创新突破，造福人类生命健康。