施工过程中，项目团队采取日跟踪、日分析、日反馈、日纠偏的进度管控措施，每天组织现场例会，全过程工程咨询单位北京国金管理咨询有限公司总咨询师、技术负责人24小时带班值守，每天跟踪施工进度、分析进度、发布进度指令，及时解决问题。
为进一步落实安全教育，市建筑工务署组织项目团队学习“工务第一课”和《清单革命》，坚持“问题＋导向”的清单工作制方法，预防施工过程中出现安全隐患，并要求各参建方严格落实安全生产责任制。重点提出“四个清单”并下发至各参建单位，要求每日进行早班安全教育，对进出洞人员进行实名制登记，定期组织安全应急演练，做好通风、防汛等应急预案，确保逃生通道顺畅。
使用结构胶40吨、安装钢板310吨、钢花管锚杆安装1605延长米、钢板焊缝长912延长米……据介绍，南方科技大学医学院项目涉东江水源工程隧洞洞内结构加固工程是市建筑工务署负责的第一个涉水源工程的隧洞加固工程，也是东江水源工程建成20年来加固施工里程最长、任务最重的工程。此次工程的顺利进行为保障东江水源工程安全和深港两地供水安全、实现南方科技大学医学院项目有序建设奠定了坚实基础。