日本原始信仰的另一歌特征是对生殖器的崇拜。从绳文时代的遗址可以发现象征男性生殖器的石棒和女性土偶突出的性器官。到了弥生时代，在农耕的祭祀仪式上，性器官作为农业生产力的象征，成为人们膜拜的对象。因此，日本上古石崇拜性的。最早祭祀的对象之一，就是道祖神，作为男女结缘的神，包括圆石，阴阳石和男女二体石。最早的女神雕像就是展现其生殖器，后来这一形象演化为日本式的“观音”。在神话中还有名叫猿田昆古的阴茎神，他象征着生命力。

    在日本的原始信仰中，性器官还是一种象征生命的力量，具有无比的咒语，连魔鬼遇上它也逃之夭夭。比如在《古记事》“天之岩户”一节中记叙到：高天原和苇原中国被恶神起哄捣乱，灾祸齐发，天漆黑一片。天宇受卖命神以天香山的日影蔓束袖，以葛藤为发髻，手持天香山竹叶，扣空桶于岩石之外，脚踏作响，状如神魂附体，胸乳皆露，裳扣下垂及于阴部。于是高天原震动，八百万神哄然大笑。恶神被驱，天照大神即出岩户，高天原和苇原中国自然明亮起来。