9月16日，受强台风“山竹”影响，沙头角海关“中英街”罕见停止办理沙头角边境特别管理区通行证（俗称“蓝证”）。9月17日，深圳海关表示，当天中午沙头角海关已恢复正常运行。
据悉，受台风“山竹”影响，沙头角海关的卡口及设备损坏。此外，沙头角海关货运机检办公区玻璃门被刮碎，碎玻璃散落一地；口岸旅检入境车道卡口栏杆刮折；货运“986”机检设备卷帘门被吹毁，翻向一侧；中英街内海水倒灌，积水最深处可达1米。深圳海关及时调整至人工验放模式并做好登记。
沙头角海关相关负责人表示，16日，受台风影响，通关人数急剧下降。目前，口岸通关平稳顺畅，通关车辆和人员逐步回升中。