5月6日，曾任台湾“国安会咨询委员”的台联党前主席苏进强表示，“秘密外交案”或“建交案”十分敏感，按照一般程序，一定要报告并请示“总统”，等“总统”批示后才可能进行后续作业。正常情况下，陈水扁至少会知道事情的大方向。

    5月6日，陈水扁本人终于打破沉默，被迫发表声明，向民众道歉。但陈水扁撇清自己的责任，说他本人“心中坦荡，既未主导，亦未参与执行”。他同时强调，对于该案，他支持司法调查，严惩不法。不过他相信相关同人及部属不会收贿或侵吞公家的钱，也期待“司法机关”能早日还给他们公道。

    邱毅出手猛打

    5月5日，国民党“立委”邱毅拿出陈水扁和涉案的金纪玖的合影，指两人关系不一般。

    6日，邱毅接着曝料称，黄志芳近日向台北“地检署”交出一份“收贿名单”。他认为这证明这不是“建交案”，而是贪污案。另据台湾媒体报道，巴布亚新几内亚总理的私人秘书已证实，吴思材当初只是谈要在台北设商务代办处以及推荐金纪玖担任巴驻台名誉领事的事，完全没触及所谓双方“建交”的事。

    据台湾媒体报道，台北“地检署”6日加紧追查此案，并出动7名检察官到“行政院副院长”邱义仁、“外交部长”黄志芳和“国防部副部长”柯承亨三人的住宅和办公室搜查，检方还查扣了相关证物。“行政院”遭搜查，“行政院副院长”被列为贪污被告，以及“外交部长办公室”遭到搜查，这在台湾“司法”历史上还是第一次。