知情人士称，粤港澳特别合作区的主要功能，将与自由贸易区相若，但最大的不同，是自贸区一般都是独立关税主体之间的合作，但广东并非独立关税主体，在这方面会与真正的自贸区有所区别。

    然而，在特别合作区的框架下，粤港澳三地将在“一国两制”的前提下，最大限度消除制度上及行政区划上的藩篱，力促三地人流、物流、资金流的自由往来。粤港澳特别合作区的目标，正是汪洋日前所提出的：“确立世界眼光，打造比肩纽约、东京大都会圈的世界级大经济区。”

    分析人士认为，特别合作区的提出，意味着在改革开放中先行一步的南粤广东，又将联手香港、澳门，率先迈开扩大开放的步伐。为实现港澳特别合作区的有效运作，中央有望给予该合作区下放部分经济管理权限、社会管理权限以及金融创新方面的试验权。