达尔文把他的子女当成了科学观察的对象，一出生就开始详细地观察和记录他们的一举一动，从中收集证据用来证明人类的情感与动物并无本质区别，必定是经过进化而来，而不是上帝创造的。在他看来，孩子的夭折也是一个自然事件，并非上帝的安排。医学也许有一天会发现疾病的自然因素和治疗方法，但是宗教对此毫无用处。

    爱玛则是个虔诚的基督徒，面对孩子的死亡，特别是她和达尔文最宠爱的大女儿安妮死亡，和当时的多数人一样，从宗教信仰中寻找安慰：希望安妮能上天堂，等自己死后与她在天堂上再见。但她也不能明白上帝把安妮从她身边夺走的目的何在。她珍藏了安妮的一些遗物，放在一个书箱中。它们至今还在达尔文后人的手中。

    达尔文此前已向爱玛明确表示过，虽然他曾经是剑桥神学院的学生，但是他不相信基督教。他仔细推敲过基督教的教义，发现没有证据和理由能够让他接受基督教。但是他还和爱玛、子女们一起上教堂参加礼拜仪式。在安妮死后，达尔文彻底地告别了基督教，不再参加礼拜仪式，星期天把家人送到教堂，自己则留在外面等他们。安慰他的，只有安妮留下的美好回忆——在安妮死后一周，他写下了一篇安妮回忆录。

    安妮究竟得了什么病，当时并无明确的记载，其死因也只简单地写着“发烧”。但是从其发病过程和症状看，现在一般认为安妮得的是肺结核。在当时没有任何药物可以真正治疗肺结核。实际上，当时对绝大部分疾病都没有真正有效的药物，流行的药物大多含汞、砷等重金属，或者是鸦片之类的毒品，不仅不能治病，反而能对身体造成进一步的伤害。